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ProteINSIDE : un service web pour exploiter les bases de données de génomique chez les ruminants

Il n’est pas toujours aisé de produire une information biologique pertinente à partir des données générées par la génomique. Le service web ProteINSIDE utilise les connaissances disponibles chez les ruminants et complète les informations manquantes en utilisant, par orthologie, les annotations disponibles chez des espèces pour lesquelles l’information est plus complète (espèces mieux annotées, comme la souris, le rat, l’homme).

Illustration ProteINSIDE. © Inra
Par Sylvie André
Mis à jour le 16/06/2016
Publié le 15/06/2016

ProteINSIDE : un outil très complet…

Les expérimentations de transcriptomique et de protéomique produisent de grandes quantités de données. Pour exploiter ces données de manière efficace, il est possible d’utiliser des outils intégratifs, tels que David, BioMyn, ToppGene, Expander, PathwayStudio ou Ingenuity Pathway Analysis®. De tels outils ne sont cependant pas adaptés à l’analyse des données concernant les ruminants. Ainsi, l'absence d’outils automatisés dédiés à ces espèces est un frein à la production de connaissances à partir des données de génomique qui en sont issues.

Pour pallier ce manque, des chercheurs de l’UMRH ont conçu un outil utilisable en ligne, baptisé ProteINSIDE ? Cet outil permet de :

1)     synthétiser l'information biologique stockée dans les bases de données publiques (NCBI et UniProt), ou bien fournie par les annotations fonctionnelles issues de l’ontologie des gènes.

2)     prédire les protéines qui sont sécrétées (secrétome des tissus) et qui interviennent dans la signalisation entre les cellules ou les tissus.

3)      Faire des liens entre les protéines qui contribuent à un même processus biologique ou à un même complexe protéique (interactions protéine-protéine).

 … validé, efficace et gratuit

ProteINSIDE est le seul outil, qui, permet en une seule requête de procéder à la fouille des données et à la prédiction des données manquantes, non seulement chez le bovin, l’ovin, le caprin, mais aussi chez l’homme, le rat et la souris. L’interface web permet la réalisation d'analyses et la visualisation des résultats en temps réel, ainsi que des téléchargements dans de nombreux formats (images, pdf, tableaux, données brutes, fasta...).

La base de données de ProteINSIDE permet de stocker l'information biologique nécessaire pour un fonctionnement efficace. Une mise à jour mensuelle est réalisée par les concepteurs, ce qui permet de bénéficier des dernières connaissances disponibles dans les bases de données publiques. ProteINSIDE a été testé avec des jeux de données de 1000 protéines par espèce et a été comparé avec succès à David, BioMyn et AgBase, conçus pour la recherche d'information et l'annotation, ainsi qu'à PrediSi et Phobius qui prédisent les protéines sécrétées.

ProteINSIDE est disponible gratuitement et un exemple de résultats est fourni sur la page d'accueil du site http://www.proteinside.org/.

ProteINSIDE peut servir par exemple à l’analyse des données rassemblées dans la base de données Fat&MuscleDB (Tournayre et al., 2015) pour identifier des gènes et des protéines à l’origine de la variabilité de la composition corporelle des ruminants, laquelle conditionne l’efficacité de production des carcasses et des viandes.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

Département(s) associé(s) :
Physiologie animale et systèmes d’élevage
Centre(s) associé(s) :
Auvergne - Rhône-Alpes

Références

Kaspric N., Picard B., Reichstadt M., Tournayre J., Bonnet M. 2015. ProteINSIDE to easily investigate proteomics data from ruminants: Application to mine proteome of adipose and muscle tissues in bovine foetuses. Plos One , 10 (5), e0128086

Kaspric N., Reichstadt M., Picard B., Tournayre J., Bonnet M. 2015. Protein Function Easily Investigated by Genomics Data Mining Using the ProteINSIDE Online Tool. Genomics and Computational Biology, (1)1, e16

Tournayre, J., Cassar-Malek, I., Reichstadt, M., Picard, B., Kaspric, N., Bonnet, M., 2015. Fat&MuscleDB : A database to understand tissue growth processes contributing to body or muscle composition. Proceedings JOBIM 2015, 6-9 july 2015, Clermont-Ferrand, France, p14 (8 pages), submission 73.