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Microbiote intestinal chez le porc, facteurs de variation et relations avec les performances des animaux

thèse le 29 octobre 2019, Rennes

Porcelet rose aux yeux bleus.. © © INRA, NORMANT Sophie
Publié le 23/10/2019
Mots-clés :

Mathilde Le Sciellour, UMR Pegase, centre de Rennes, soutiendra sa thèse intitulée "microbiote intestinal chez le porc, facteurs de variation et relations avec les performances des animaux", le 29 octobre 2019 - 14h - Rennes - Agrocampus Ouest - Amphithéâtre Moule.

Résumé

L’amélioration de l’efficacité alimentaire (EA) est un enjeu important pour la filière porcine. L’EA est un phénotype complexe faisant intervenir un grand nombre de fonctions chez le porc. Au travers son rôle dans le métabolisme de son hôte et le maintien de sa santé, le microbiote intestinal est susceptible d’impacter les performances de l’hôte et en particulier son EA. Ce travail de thèse vise à étudier les modifications de composition du microbiote intestinal du porc soumis à différents facteurs environnementaux et à évaluer les relations entre cette composition microbienne et les performances de l’hôte. Pour cela, les données de trois études réalisées sur des porcs en croissance-finition (entre 60 et 1 200 porcs par étude) soumis à des perturbations de natures différentes (aliment riche en fibres, aliment contaminé par des mycotoxines (DON) ou exposition à un stress thermique chronique ou aigu) ont été utilisées. L’analyse du microbiote a été réalisée sur la base de prélèvements de fèces obtenus avant et après les perturbations. Parallèlement, des phénotypes en lien avec l’EA de l’hôte ont été mesurés afin d’évaluer et quantifier les relations entre les performances du porc et son microbiote intestinal.
L’analyse bio-informatique et statistique approfondie des données microbiennes a montré que les perturbations environnementales impactent la composition du microbiote fécal mais que cet effet n’est généralement que transitoire. Selon la nature du challenge (régime alimentaire standard vs. riche en fibre, exposition à un stress thermique chronique ou aigu, et aliment contaminé par DON), l’impact sur la composition du microbiote intestinal diffère. Les données d’abondances relatives des OTU permettent de discriminer les groupes de porcs suivant des facteurs de variation qualitatifs mais ne permettent pas d’établir des modèles de prédiction quantitatifs entre les performances et les profils bactériens. Des phénomènes de redondance fonctionnelle pourraient expliquer la faible capacité prédictive de ces modèles. Une approche écosystémique basée sur la notion d’entérotype a été utilisée pour caractériser le microbiote. Ces travaux montrent que les entérotypes peuvent être instables au cours du temps chez le porc mais peuvent être associés à des phénotypes, notamment en lien avec la robustesse. Ces résultats ouvrent des perspectives quant à l’utilisation fonctionnelle des données microbiennes pour l’étude des performances de l’hôte.